Genlerin ve markörlerin kromozomlar üzerinde bulunduğu yerlerin ve birbirlerine olan uzaklıkların tespit edilmesidir. Crossing over olaylarından yararlanılarak birleşik genlerin dizilişi ve aralarındaki uzaklıkların sonucu genetik bağlantı haritaları oluşturulmaktadır.
Özellikle bitkilerde ekonomik özelliklerin ve hastalıklara sebep olan gen bölgelerinin tespit edilmesi amacıyla genom tarama ve kantatif özellik lokusları(QTL) haritalama çalışmaları ile markör destekli seleksiyon(MAS) uygulamalarının temelini oluşturmaktadır.
Genetik haritalama, genomun matematiksel analizi olarak bilinir ve genlerin kromozomlar üzerindeki lokalizasyonlarının bulunmasında moleküler yöntemleri ve istatistiksel analizleri kullanır.
